اصولاً بخش مرجع از اساسی‌ترین ارکان یک کتابخانه‌ی تخصصی و دانشگاهی است. مراجعین به کتابخانه، بیش‌ترین پاسخ های سوالات خویش را در رابطه با تحقیقات، در این بخش خواهند یافت. سوالات مراجعین به این بخش به دو صورت است:

الف) یک دسته از مراجعین می‌خواهند از مکان یک منبع رفرنس با اطلاع گردند.

ب) دسته‌ی دوم مراجعینی هستند که امکان دستیابی را می‌دانند ولی نحوه‌ی استفاده از آن‌ها را نمی‌دانند یا از آن موضوع خیلی کم اطلاع دارند و کتابدار باید با پرسش‌های گوناگون پی به منظور او برده و سپس نحوه‌ی یافتن آن موضوع را برای فرد توضیح دهد. در این مرحله کتابدار پا به پای فرد جستجوگر به دنبال موضوع رفته و به نسبت سادگی و پیچیدگی مطلب، به او کمک کند.

در این بخش پایان‌نامه‌های کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری مهندسی هوافضا نگهداری می‌شوند. دانشجویان موظف هستند پس از دفاع از پایان‌نامه و تصویب آن، یک نسخه لوح فشرده‌ حاوی اسکن تأییدیه‌ی هیأت داوران و اطلاعات پایان‌نامه‌ را به کتابخانه‌ی دانشکده تحویل دهند. مجموعه پایان‌نامه‌های دانشجویان در این بخش نگهداری شده و پس از ساماندهی آماده‌ی ارائه به مراجعان می‌باشد. براساس آئین‌نامه کتابخانه‌ی مرکزی امانت دادن این منابع ممنوع می‌باشد. شیوه‌ی جستجو در این بخش به دو صورت می باشد:

جستجوی کامپیوتری: در برنامه‌ی جستجوی منابع کتابخانه با داشتن کلید واژه می‌توان به مشخصات کامل‌تر پایان‌نامه‌های مورد نظر دستیابی داشت. جهت استفاده از پایان‌نامه‌ها ارائه‌ی کارت دانشجویی معتبر الزامی است. پس از ارائه‌ی شماره‌ی پایان‌نامه‌ی مورد نظر به مسئول این بخش و پس از ثبت شماره‌ی پایان‌نامه می‌توانند از پایان‌نامه‌ی مورد نظر استفاده نمایند.

کپی از پایان‌نامه: استفاده از پایان‌نامه‌ها با ارائه‌ی کارت دانشجویی دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی امکان‌پذیر است (دانشجویان دانشگاه های دیگر صرفاً با ارائه‌ی معرفی‌نامه‌ی معتبر از معاون پژوهشی دانشگاه مربوطه و یا طرح غدیر و ارائه‌ی کارت دانشجویی می‌توانند از پایان‌نامه‌ها استفاده نمایند).پایان‌نامه‌ها صرفاً قابل استفاده (مطالعه و یادداشت برداری) در داخل بخش مرجع می‌باشند. (پایان‌نامه‌ها به امانت داده نمی‌شوند). امکان جستجوی پایان‌نامه‌ها از طریق نرم‌افزار کتابخانه فراهم است. هر فرد می‌تواند حداکثر تعداد 3 پایان‌نامه را به طور همزمان استفاده نماید. صفحات قابل کپی از پایان‌نامه عبارتند از: صفحات چکیده، فهرست منابع و مآخذ (از صفحات متن پایان‌نامه کپی گرفته نمی‌شود).

حداکثر تعداد صفحات کپی از هر پایان‌نامه با مجوز از استاد راهنمای پایان‌نامه برای دانشجویان کارشناسی 25 صفحه، کارشناسی ارشد 15 صفحه و دکتری 10 صفحه می‌باشد. پس از استفاده از پایان‌نامه‌ها آن‌ها را به بخش مرجع تحویل داده و کارت شناسایی خود را تحویل بگیرید. (از بازگرداندن پایان‌نامه به داخل قفسه‌ها جداً خودداری کنید)

کلیه‌ی منابع کتابخانه‌ی مرکزی که براساس تعاریف و ضوابط کتابداری، به عنوان کتاب مرجع (Reference Book) شناخته می‌شوند (از قبیل دایره المعارف‌ها، واژه‌نامه‌ها، دستنامه‌ها، اطلس‌ها و ...) در این بخش قرار می‌گیرند. امانت دادن اینگونه منابع ممنوع بوده و استفاده از آن‌ها جهت مطالعه و یا تکثیر مطالب در سالن مطالعه بخش مرجع برای استفاده کنندگان آزاد می‌باشد.